-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 3
/
Copy pathmain.nf
62 lines (50 loc) · 1.75 KB
/
main.nf
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
#!/usr/bin/env nextflow
/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
Arcadia-Science/metagenomics
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
Github : https://github.com/Arcadia-Science/metagenomics
----------------------------------------------------------------------------------------
*/
nextflow.enable.dsl = 2
/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
VALIDATE & PRINT PARAMETER SUMMARY
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*/
WorkflowMain.initialise(workflow, params, log)
if (params.platform == 'illumina') {
include { ILLUMINA } from './workflows/illumina'
} else if (params.platform == 'nanopore') {
include { NANOPORE } from './workflows/nanopore'
}
workflow ARCADIASCIENCE_METAGENOMICS {
//
// WORKFLOW: Illumina processing and assembly
//
if (params.platform == 'illumina') {
ILLUMINA ()
//
// WORKFLOW: Nanopore processing and assembly
//
} else if (params.platform == 'nanopore') {
NANOPORE ()
}
}
/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
RUN ALL WORKFLOWS
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*/
//
// WORKFLOW: Execute a single named workflow for the pipeline
// See: https://github.com/nf-core/rnaseq/issues/619
// without this have to provide -entry
workflow {
ARCADIASCIENCE_METAGENOMICS ()
}
/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
THE END
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*/