Ketcher format (current version)

Molecule schema

{ "$schema": "http://json-schema.org/draft-07/schema#", "title": "Molecule", "type": "object", "required": [ "atoms" ], "properties": { "stereoFlag": { "title": "Stereo Flag", "type": "string", "enum": [ "ABS", "AND", "OR", "Mixed" ] }, "atoms": { "title": "Atoms", "type": "array", "items": { "oneOf": [ { "$ref": "#/atom" }, { "$ref": "#/hiso" }, { "$ref": "#/rsite" }, { "$ref": "#/atomlist" } ] } }, "bonds": { "title": "Bonds", "type": "array", "items": { "$ref": "#/bond" } }, "hl_bonds": { "title": "Highlighted bonds", "type": "array", "items": { "type": "integer" } }, "hl_atoms": { "title": "Highlighted atoms", "type": "array", "items": { "type": "integer" } }, "sl_bonds": { "title": "Selected bonds", "type": "array", "items": { "type": "integer" } }, "sl_atoms": { "title": "Selected atoms", "type": "array", "items": { "type": "integer" } }, "sgroups": { "title": "SGroups", "type": "array", "items": { "$ref": "#/sgroup" } } } }

=== Atom schema { "$schema": "http://json-schema.org/draft-07/schema#", "title": "Atom", "type": "object", "required": [ "label" ], "properties": { "label": { "title": "Label", "type": "string", "enum": [ "H", "He", "Li", "Be", "B", "C", "N", "O", "F", "Ne", "Na", "Mg", "Al", "Si", "P", "S", "Cl", "Ar", "K", "Ca", "Sc", "Ti", "V", "Cr", "Mn", "Fe", "Co", "Ni", "Cu", "Zn", "Ga", "Ge", "As", "Se", "Br", "Kr", "Rb", "Sr", "Y", "Zr", "Nb", "Mo", "Tc", "Ru", "Rh", "Pd", "Ag", "Cd", "In", "Sn", "Sb", "Te", "I", "Xe", "Cs", "Ba", "La", "Ce", "Pr", "Nd", "Pm", "Sm", "Eu", "Gd", "Tb", "Dy", "Ho", "Er", "Tm", "Yb", "Lu", "Hf", "Ta", "W", "Re", "Os", "Ir", "Pt", "Au", "Hg", "Tl", "Pb", "Bi", "Po", "At", "Rn", "Fr", "Ra", "Ac", "Th", "Pa", "U", "Np", "Pu", "Am", "Cm", "Bk", "Cf", "Es", "Fm", "Md", "No", "Lr", "Rf", "Db", "Sg", "Bh", "Hs", "Mt", "Ds", "Rg", "Cn", "Nh", "Fl", "Mc", "Lv", "Ts", "Og" ] }, "location": { "title": "Location", "type": "array", "items": { "type": "number", "maxItems": 3 } }, "charge": { "title": "Charge", "type": "integer", "minimum": -1000, "maximum": 1000 }, "explicitValence": { "title": "Valence", "type": "integer", "enum": [ -1, 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12 ] }, "isotope": { "title": "Isotope", "type": "integer", "minimum": 0 }, "radical": { "title": "Radical", "type": "integer", "enum": [ 0, 2, 1, 3 ] }, "attachmentPoints": { "title": "R-Group attachment points", "type": "integer", "enum": [ 0, 1, 2, 3 ] }, "stereoParity": { "title": "Stereo parity configuration", "type": "integer", "enum": [ 0, 1, 2, 3 ] }, "ringBondCount": { "title": "Ring bond count", "type": "integer", "enum": [ 0, -2, -1, 2, 3, 4 ] }, "substitutionCount": { "title": "Substitution count", "type": "integer", "enum": [ 0, -2, -1, 1, 2, 3, 4, 5, 6 ] }, "unsaturatedAtom": { "title": "Unsaturated atom", "type": "boolean" }, "hCount": { "title": "H-count", "type": "integer", "enum": [ -1, 0, 1, 2, 3, 4, 5 ] }, "mapping": { "title": "Atom-atom mapping", "type": "integer", "minimum": 0 }, "invRet": { "title": "Inversion", "type": "integer", "enum": [ 0, 1, 2 ] }, "exactChangeFlag": { "title": "Exact change", "type": "boolean" } } }

=== Hydrogen isotopes

{ "$schema": "http://json-schema.org/draft-07/schema#", "title": "hiso", "type": "object", "required": [ "label", "location" ], "properties": { "label": { "title": "Label", "type": "string", "enum": [ "D", "T" ] }, "location": { "title": "Location", "type": "array", "items": { "type": "number", "maxItems": 3 } }, "charge": { "title": "Charge", "type": "integer", "minimum": -1000, "maximum": 1000 } } }

=== R-Site

{ "$schema": "http://json-schema.org/draft-07/schema#", "title": "R-site", "type": "object", "required": [ "type", "location" ], "properties": { "type": { "title": "R-site type", "type": "string", "enum": [ "rg-label" ] }, "location": { "title": "Location", "type": "array", "items": { "type": "number", "maxItems": 3 } }, "$refs": { "title": "R-group references", "type": "array", "items": { "type": "string", "pattern": "^rg-", "maxLength": 5 } }, "attachmentPoints": { "title": "R-Group attachment points", "type": "integer", "enum": [ 0, 1, 2, 3 ] } } }

=== Atom list

{ "$schema": "http://json-schema.org/draft-07/schema#", "title": "Atom list", "type": "object", "required": [ "type", "location" ], "properties": { "type": { "type": "string", "enum": [ "atom-list" ] }, "notList": { "type": "boolean" }, "location": { "title": "Location", "type": "array", "items": { "type": "number", "maxItems": 3 } }, "elements": { "title": "Elements list", "type": "array", "minItems": 2, "items": { "type": "string", "maxLength": 3 } }, "attachmentPoints": { "title": "R-Group attachment points", "type": "integer", "enum": [ 0, 1, 2, 3 ] } } }

=== Bond

{ "$schema": "http://json-schema.org/draft-07/schema#", "title": "Bond", "type": "object", "required": [ "atoms" ], "properties": { "type": { "title": "Bond type", "type": "integer", "enum": [ 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12 ] }, "atoms": { "title": "Atoms", "type": "array", "minItems": 2, "maxItems": 2, "items": { "type": "integer" } }, "stereo": { "title": "Bond stereo type", "type": "integer", "enum": [ 0, 1, 2, 3 ] }, "topology": { "title": "Topology", "type": "integer", "enum": [ 0, 1, 2 ] }, "center": { "title": "Reacting Center", "type": "integer", "enum": [ 0, -1, 1, 2, 4, 8, 12 ] }, "stereobox": { "title": "Stereo box", "type": "integer", "enum": [ 0, 1 ] } } }

=== S-Group

{ "$schema": "http://json-schema.org/draft-07/schema#", "title": "SGroup", "allOf": [ { "required": [ "atoms" ], "properties": { "atoms": { "type": "array", "items": { "type": "integer" } } } }, { "oneOf": [ { "title": "Generic", "key": "GEN", "properties": { "type": { "enum": [ "GEN" ] } } }, { "title": "Multiple group", "key": "MUL", "required": [ "mul" ], "properties": { "type": { "enum": [ "MUL" ] }, "mul": { "title": "Repeat count", "type": "integer", "default": 1, "minimum": 1, "maximum": 1000 } } }, { "title": "SRU polymer", "key": "SRU", "required": [ "subscript", "connectivity" ], "properties": { "type": { "enum": [ "SRU" ] }, "subscript": { "title": "Polymer label", "type": "string", "pattern": "^[a-zA-Z]$" }, "connectivity": { "title": "Repetition rule", "type": "string", "enum": [ "HT", "HH", "EU" ] } } }, { "key": "SUP", "title": "Superatom", "properties": { "type": { "enum": [ "SUP" ] }, "name": { "title": "Superatom name", "type": "string", "minLength": 1 } } }, { "key": "DAT", "title": "Data-group", "required": [ "context", "fieldName", "fieldValue" ], "properties": { "type": { "enum": [ "DAT" ] }, "context": { "title": "Context", "enum": [ "Fragment", "Multifragment", "Bond", "Atom", "Group" ] }, "fieldName": { "title": "Field name", "type": "string", "minLength": 1 }, "fieldValue": { "title": "Field value", "type": "string", "minLength": 1 }, "display": { "title": "Display", "type": "boolean" }, "placement": { "title": "Placement", "type": "boolean" } } } ] } ] }