index.Rmd

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title: "Modelos Mixtos con R"
author: ["Freddy Hernández Barajas", "Jorge Leonardo López Martínez"]
date: "`r Sys.Date()`"
site: bookdown::bookdown_site
output: bookdown::gitbook
documentclass: book
bibliography: [book.bib, packages.bib]
biblio-style: apalike
link-citations: yes
cover-image: images/cover.png
github-repo: fhernanb/libro_mod_pred
description: "Este libro es para los estudiantes interesados en usar Modelos Mixtos."
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# Bienvenido {-}

```{r include=FALSE, eval=T}
# automatically create a bib database for R packages
knitr::write_bib(c(
  .packages(), 
  'bookdown', 'knitr', 'rmarkdown', 'nlme', 'lme4', 'MPV', 'scatterplot3d', 
  'plotly', 'packages.bib', 'MASS', 'brms', 'MCMCglmm', 
  'glmmADMB', 'RLRsim', 'pbkrtest', 'glmmTMB', 'glmm', 'statmod',
  'DHARMa', 'marginaleffects', 'mclogit', 'ordinal', 'INLA',
  'gamlss', 'MuMIn', 'ggeffects'), 
  'packages.bib')
```

```{r echo=FALSE, eval=FALSE}
# lista de paquetes necesarios para compilar el libro
list.of.packages <- c("MPV", 
                      "scatterplot3d", 
                      "kableExtra", 
                      "RLRsim",
                      "ggforce", 
                      "DT", 
                      "demoR", 
                      "ggeffects", 
                      "showtext",
                      "merTools", 
                      "see", 
                      "statmod", 
                      "patchwork", 
                      "emdbook",
                      "DHARMa", 
                      "glmmTMB", 
                      "glmm", 
                      "GGally", 
                      "hglm", 
                      "texreg",
                      "stargazer", 
                      "flair", 
                      "tidyverse" 
                      "marginaleffects",
                      "ggeffects")
new.packages <- list.of.packages[!(list.of.packages %in% installed.packages()[,"Package"])]
if(length(new.packages)) install.packages(new.packages)
```


```{r echo=FALSE, out.width="50%", fig.align='center'}
knitr::include_graphics("images/Portada.jpg")
```

Este libro está destinado para usuarios de R interesados en aplicar modelos mixtos.

[Freddy Hernández Barajas](https://fhernanb.github.io/)  
[Jorge Leonardo López Martínez](https://leo4luffy.github.io/)

## Estructura del libro {-}

En el capítulo \@ref(reg-lin) se hace un repaso básico del modelo de regresión lineal clásico. En el capítulo \@ref(lmm) se presentan el modelo lineal mixto (LMM) y luego en el capítulo \@ref(glmm) se presentan los modelos lineales generalizados mixtos (GLMM). En el capítulo \@ref(pac-lme4) se presenta el paquete **lme4** y sus principales funciones para modelación, mientras que en el capítulo \@ref(pac-nlme) se presenta el paquete **nlme** y sus principales funciones para modelación. En el capítulo \@ref(ph) se muestran ejemplos de cómo proceder para comparar diferentes modelos usando pruebas de hipótesis.. En el capítulo \@ref(R2) se muestra la forma de calcular la medida $R^2$ para LMM y GLMM.

## Software y convenciones {-}

Para realizar este libro usamos los paquetes **knitr**\index{knitr} [@xie2015] y **bookdown**\index{bookdown} [@R-bookdown] que permiten unir la ventajas de LaTeX y R en un mismo archivo.

En todo el libro se presentarán códigos que el lector puede copiar y pegar en su consola de R para obtener los mismos resultados aquí del libro. Los códigos se destacan en una caja de color similar a la mostrada a continuación.

```{r, eval=F}
4 + 6
a <- c(1, 5, 6)
5 * a
1:10
```

Los resultados o salidas obtenidos de cualquier código se destacan con dos símbolos de númeral (`##`) al inicio de cada línea o renglón, esto quiere decir que todo lo que inicie con `##` son resultados obtenidos y __NO__ los debe copiar. Abajo se muestran los resultados obtenidos luego de correr el código anterior.

```{r, echo=F}
4 + 6
a <- c(1, 5, 6)
5 * a
1:10
```

## Bloques informativos {-}
En varias partes del libro usaremos bloques informativos para resaltar algún aspecto importante. Abajo se encuentra un ejemplo de los bloques y su significado.

<div style="-moz-box-shadow: 1px 1px 3px 2px #ffff00;
  -webkit-box-shadow: 1px 1px 3px 2px #ffff00;
  box-shadow:         1px 1px 3px 2px #ffff00;">

```{block2, type='rmdnote'}
Nota aclaratoria.
```

</div>

<div style="-moz-box-shadow: 1px 1px 3px 2px #00ffff;
  -webkit-box-shadow: 1px 1px 3px 2px #00ffff;
  box-shadow:         1px 1px 3px 2px #00ffff;">

```{block2, type='rmdtip'}
Sugerencia.
```

</div>

<div style="-moz-box-shadow: 1px 1px 3px 2px #808080;
  -webkit-box-shadow: 1px 1px 3px 2px #808080;
  box-shadow:         1px 1px 3px 2px #808080;">

```{block2, type='rmdwarning'}
Advertencia.
```

</div>

<div style="-moz-box-shadow: 1px 1px 3px 2px #000000;
  -webkit-box-shadow: 1px 1px 3px 2px #000000;
  box-shadow:         1px 1px 3px 2px #000000;">

```{block2, type='rmdexercise'}
Solución a ejemplos.
```

</div>