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README.md

File metadata and controls

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MRlapPro

  • MRlapPro包是基于MRlap和GenomicSEM包的魔改版
  1. 增加了读取文件的速度
  2. 将部分代码修改成效率更高的替代版本
  3. 修改了GenomicSEM中标准化数据时，无用反复读写文件带来的内存消耗，时间消耗
  4. 将必要的文件直接封装到了包里
  5. 删除了例子里的BMI和SBP 减少安装MRlapPro包的时间
  6. 兼容更多的GWAS格式数据

  • 耗时上，可以大概减少原MRlap包的90%无用耗时，主要目的是为了支持大量的文件批量分析。

  • 修改或删除的源码部分已经在代码中标注

  • MRlapPro包遵循GPL-2.0协议

  • 原MRlap包：https://github.com/n-mounier/MRlap

安装

You can install the current version of MRlap with:

# Directly install the package from github
# install.packages("remotes")
# if use MRlap internal testing data
remotes::install_github("n-mounier/MRlap")
# install MRlapPro
remotes::install_github("flash0926/MRlapPro")

例子

BMI <- system.file("data/", "BMI_Data.tsv.gz", package="MRlap")
SBP <- system.file("data/", "SBP_Data.tsv.gz", package="MRlap")
A = MRlapPro::MRlap(exposure = BMI,
          exposure_name = "BMI_100Ksample",
          outcome = SBP,
          outcome_name = "SBP_100Ksample",
          ld = system.file("Data/eur_w_ld_chr", package="MRlapPro"),
          hm3 = system.file("Data/eur_w_ld_chr", "w_hm3.snplist", package="MRlapPro"))
A

特别说明

因为代码需要使用到IEU的clump功能

  • 所以需要按照IEU提供的文档，进行Token配置，否则无法使用其功能。
  • 也可以使用本地clump功能，查看包体参数说明传入plink以及bfile的文件。 可以下载网页中提供的LD.zip文件 解压到自己的工作目录使用 https://kimfiles.oss-cn-beijing.aliyuncs.com/LD.zip

引用

查看原MRlap的引用说明 https://github.com/n-mounier/MRlap/blob/master/README.md

也可以直接引用MRlapPro包 https://github.com/flash0926/MRlapPro

MendelR 搭配用法

可以跳转下方链接查看： https://flash0926.yuque.com/org-wiki-flash0926-kivyu0/gpa1ys/ggcx9qoyhzsr1dgc

支持多个文件传入，根据步骤准备好环境，然后直接调用代码分析出结果