salmon_analysis.sh

##https://salmon.readthedocs.io/en/latest/salmon.html
##a wicked-fast 转录本量化软件
##salmon需要一套靶向转录本(参考转录本或de-nove组装)进行量；总之，所有需要的就是fasta格式参考转录本和fastq/fasta reads文件，同时也可以处理提前比对好的文件(sam/bam)
##salmon的比对模型需要通过两阶段实现：indexing和quantification。索引步骤独立于reads文件，仅对参考转录本进行索引;定量过程对reads进行比对定量
##推荐针对decoy-aware transcriptom采用selective alignment,来缓解reads潜在对错误比对
##随着salmon v0。13.1,推荐都采用selective alignment：##--validateMappings
##注意,若reads或比对文件针对靶向转录本不是随机顺序,需要randomize/shuffle之后在使用salmon定量

##mapping-based mode
##推荐使用selective alignment，因此使用脚本generateDecoyTranscriptome.sh脚本构建decoy-aware trasncriptom 文件
##--keepDuplicates, 保留序列的转录本
##salmon index -t transcripts.fa -i transcripts_index -k 31

##含两种定量模式，一种是根据基于比对文件(sam/bam)的方式，另一种是根据read定量方式
##If you provide salmon with alignments '-a [ --alignments ]' then the alignment-based algorithm will be used, otherwise the algorithm for quantifying from raw reads will be used
##根据reads定量
##-l/--libType librarytype,针对alignments文件自动检测测序文件的reads类型: -l A
##https://salmon.readthedocs.io/en/latest/library_type.html#fraglibtype
##-l/--libType 分三部分:
##1. 相对方向:I=inward;O=outward;M=matching
##2. read文库是否为stranded/unstranded：S=stranded;U=unstranded
##3. 若为unstranded，无需第三部分值;该部分指定strand from which the read originated:F=read 1 源于正链；R=read 1 源于负链
##-i/--index salmon index
##-r/--unmateReads 包含为成对reads的文件列表,例如单端reads
##-1 --mates1 包含#1 mates文件；-2/--mates2 包含#2 mates文件
##-o/--output 输出定量目录
##-g/--geneMap 包含转录本比对到genes的文件，此时输出会包含quant.genes.sf文件，包含基因水平的丰度评估, 该文件可谓gtf文件或tab分隔的格式文件
##--discardOrphansQuasi 舍弃仅单端比对上的双短reads
##--validateMappings [Quasi-mapping mode only]: 使用alignment-based verification来验证比对
##--writeOrphanLins 输出指向orphan reads的转录本
##--writeUnmappedNames 输出没有比对上的read到unmapped_names.txt;其中单端read后缀为u, unmapped；双端read：u表示一对read都没比对上；m1指read1没比对；m2指read2没比对；m12表read1/read2比对到了不同转录本

##salmon quant -i transcripts_index -l A -g xxx.gtf -1 read1.fq.gz -2 read2.fq.gz -o transcripts_quant --writeUnmappedNames --validateMappings 

##根据必读文件定量
##期待reads是直接比对到了转录本(RSEM, eXpress等), 而不是比对到了基因组(Cufflinks);若比对到了基因组，需要将SAM/BAM转回FASTA/Q文件，然后使用lightweight-alignment-based mode；或将其比对到转录本；或着使用sam-xlate将BAM文件到基因组坐标转换为转录本坐标
##That is, Salmon expects that the reads have been aligned directly to the transcriptome (like RSEM, eXpress, etc.) rather than to the genome (as does, e.g. Cufflinks).若
##提供aln.bam文件和需要定量的转录组序列文件transcripts.fa
##-a 空格分开多个bam/sam文件
##salmon quant -t transcripts.fa -l A -a aln.bam -o salmon_quant --writeUnmappedNames