-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 0
/
Copy pathDockerfile
56 lines (51 loc) · 2.37 KB
/
Dockerfile
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
FROM ubuntu:latest
###############################################################################################
MAINTAINER Ivan E. Cao-Berg <[email protected]>
LABEL Description="Ubuntu 16.04 + MATLAB MCR 2016b"
LABEL Vendor="Murphy Lab in the Computational Biology Department at Carnegie Mellon University"
LABEL Web="http://murphylab.cbd.cmu.edu"
LABEL Version="2016b"
###############################################################################################
###############################################################################################
# UPDATE OS AND INSTALL TOOLS
USER root
ENV DEBIAN_FRONTEND noninteractive
RUN apt-get update && apt-get install -y --no-install-recommends apt-utils
RUN apt-get install -y build-essential git \
unzip \
xorg \
wget \
tree \
pandoc \
curl \
vim
RUN apt-get upgrade -y
###############################################################################################
###############################################################################################
# INSTALL MATLAB MCR 2016B
USER root
RUN echo "Downloading Matlab MCR 2016b"
RUN mkdir /mcr-install && \
mkdir /opt/mcr
RUN cd /mcr-install && \
wget -nc --quiet http://ssd.mathworks.com/supportfiles/downloads/R2016b/deployment_files/R2016b/installers/glnxa64/MCR_R2016b_glnxa64_installer.zip && \
echo "Unzipping container" && \
unzip -q MCR_R2016b_glnxa64_installer.zip && \
./install -destinationFolder /opt/mcr -agreeToLicense yes -mode silent && \
cd / && \
echo "Removing temporary files" && \
rm -rvf mcr-install
# CONFIGURE ENVIRONMENT VARIABLES FOR MCR
RUN mv -v /opt/mcr/v91/sys/os/glnxa64/libstdc++.so.6 /opt/mcr/v91/sys/os/glnxa64/libstdc++.so.6.old
ENV LD_LIBRARY_PATH /opt/mcr/v91/runtime/glnxa64:/opt/mcr/v91/bin/glnxa64:/opt/mcr/v91/sys/os/glnxa64
ENV XAPPLRESDIR /opt/mcr/v91/X11/app-defaults
###############################################################################################
###############################################################################################
# CONFIGURE ENVIRONMENT
ENV DEBIAN_FRONTEND noninteractive
ENV SHELL /bin/bash
ENV USERNAME murphylab
ENV UID 1000
RUN useradd -m -s /bin/bash -N -u $UID $USERNAME
RUN if [ ! -d /home/$USERNAME/ ]; then mkdir /home/$USERNAME/; fi
###############################################################################################