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example.yaml
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# Example YAML configuration file for the template builder.
!org.qbic.collections.ImmiGeneProject
numberOfPatients: 40 # Später 60
projectID: QVOKR # vorläufige QBiC Project ID
organismID: 9606 # NCBI ID
space: MFT_IMMIGENE # openBis SPACE
# Empfänger Konfiguration
recepient:
id: R # Labelname: R:1:... dann R:2:.... usw.
samples:
#
# Vollblut-Probe
#
- !org.qbic.collections.Sample
tissue: WHOLE_BLOOD
id: B # Labelname z.B. R:1:t-1:B:...
timepoints:
- t-1
- t5
- t6
- t7
aliquots: 1 # Labelname z.B. R:1:t-1:B:1
experiments:
- !org.qbic.collections.Experiment # für Exomsequenzierung oder Genotyp.
experiment: DNA
id: D # Labelname z.B. R:1:t-1:B:1:D:1
aliquots: 1
- !org.qbic.collections.Experiment # Stimulation mit Immunoaktivatoren
experiment: RNA
id: R # Labelname z.B. R:1:t-1:B:1:R:1
aliquots: 20
#
# Evtl Blutplasma
#
- !org.qbic.collections.Sample
tissue: BLOOD_PLASMA
id: BP # Labelname z.B. R:1:t-1:BP:...
timepoints:
- t-1
- t5
- t6
- t7
aliquots: 1
experiments:
- !org.qbic.collections.Experiment
experiment: PROTEINS
id: I # Labelname z.B. R:1:t-1:BP:1:I:1 (für immunologische Analyse)
aliquots: 2
#
# Urin-Probe
#
- !org.qbic.collections.Sample
tissue: URINE
id: U # Labelname z.B. R:1:t-1:U:...
timepoints:
- t-1
- t0
- t1
- t2
- t3
- t4
- t5
- t6
- t7
aliquots: 1
experiments:
- !org.qbic.collections.Experiment
experiment: SMALLMOLECULES
id: M # Labelname z.B. R:1:t-1:U:1:M:1 (für Metabolomanalyse)
aliquots: 1
#
# Stuhl-Probe
#
- !org.qbic.collections.Sample
tissue: FECES
id: F # Labelname z.B. R:1:t-1:F:...
timepoints:
- t-1
- t0
- t1
- t2
- t3
- t4
- t5
- t6
- t7
aliquots: 1
experiments:
# Vorbereitet für Metabolomanalyse
- !org.qbic.collections.Experiment
experiment: SMALLMOLECULES
id: M # Labelname z.B. R:1:t-1:F:1:M:1 (für Metabolomanalyse)
aliquots: 2
# Vorbereitet für immunologische Analyse
- !org.qbic.collections.Experiment
experiment: PROTEINS
id: I # Labelname z.B. R:1:t-1:F:1:I:1 (für immunologische Analyse)
aliquots: 2
# Vorbereitet für Exomsequenzierung
- !org.qbic.collections.Experiment
experiment: DNA
id: D # Labelname z.B. R:1:t-1:F:1:D:1 (für Metagenomanalyse)
aliquots: 6
# ---- Ende Konfiguration Empfänger
# ---- Beginn Konfiguration Spender
donor:
id: D # Labelname: R:1:... dann R:2:.... usw.
samples:
#
# Vollblut-Probe
#
- !org.qbic.collections.Sample
tissue: WHOLE_BLOOD
id: B # Labelname z.B. R:1:t-1:B:...
timepoints:
- t-1
aliquots: 1 # Labelname z.B. R:1:t-1:B:1
experiments:
- !org.qbic.collections.Experiment # für Exomsequenzierung oder Genotyp.
experiment: DNA
id: D # Labelname z.B. R:1:t-1:B:1:D:1
aliquots: 1
- !org.qbic.collections.Experiment # Stimulation mit Immunoaktivatoren
experiment: RNA
id: R # Labelname z.B. R:1:t-1:B:1:R:1
aliquots: 20
#
# Evtl Blutplasma
#
- !org.qbic.collections.Sample
tissue: BLOOD_PLASMA
id: BP # Labelname z.B. R:1:t-1:BP:...
timepoints:
- t-1
aliquots: 1
experiments:
- !org.qbic.collections.Experiment
experiment: PROTEINS
id: I # Labelname z.B. R:1:t-1:BP:1:I:1 (für immunologische Analyse)
aliquots: 2
#
# Urin-Probe
#
- !org.qbic.collections.Sample
tissue: URINE
id: U # Labelname z.B. R:1:t-1:U:...
timepoints:
- t-1
aliquots: 1
experiments:
- !org.qbic.collections.Experiment
experiment: SMALLMOLECULES
id: M # Labelname z.B. R:1:t-1:U:1:M:1 (für Metabolomanalyse)
aliquots: 1
#
# Stuhl-Probe
#
- !org.qbic.collections.Sample
tissue: FECES
id: F # Labelname z.B. R:1:t-1:F:...
timepoints:
- t-1
aliquots: 1
experiments:
# Vorbereitet für Metabolomanalyse
- !org.qbic.collections.Experiment
experiment: SMALLMOLECULES
id: M # Labelname z.B. R:1:t-1:F:1:M:1 (für Metabolomanalyse)
aliquots: 2
# Vorbereitet für immunologische Analyse
- !org.qbic.collections.Experiment
experiment: PROTEINS
id: I # Labelname z.B. R:1:t-1:F:1:I:1 (für immunologische Analyse)
aliquots: 2
# Vorbereitet für Exomsequenzierung
- !org.qbic.collections.Experiment
experiment: DNA
id: D # Labelname z.B. R:1:t-1:F:1:D:1 (für Metagenomanalyse)
aliquots: 6