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Yu Lab Tutorial

Linux初步

Linux 基础

一言以蔽之：从Windows的图形界面过渡到Linux的命令行操作！

• 菜鸟教程：Linux 教程
• 知乎：Ubuntu学习资源

However, if you were busy, you may want to check this basic Linux common command line function here.

Git使用

• 廖雪峰Git教程
• 菜鸟教程Git

Docker使用（进阶）

• 菜鸟教程Docker
• Docker官方说明

Python 与机器学习

除深度学习外，其他的 Machine learning 的学习可以看这个课程

从零开始掌握Python机器学习：十四步教程

深度学习现在用得比较多的是 PyTorch

• PyTorch深度学习：60分钟入门(Translation)
• PyTorch官方教程中文版

R 语言使用

我们主要用 R 来做：1.统计分析与数值计算；2.数据可视化；3.生物信息工具使用。下面分享一些有意思的资源：

• 统计检验： T 检验, 卡方检验
• R 生物信息分析（可以结合下面 RNA 数据分析学习): 生物信息学R语言入门

R 语言基于能够了解如下内存就可以了：

• R语言基础
• 数据结构
• 数据类型
• ggplot绘图原理
• 科研绘图主题与颜色搭配
• PCA
• 火山图
• 散点图
• 折线图+配对折线图
• 条形图、棒棒糖图、条形图、柱状图、饼图、甜甜圈图
• 多维饼图、直方图、密度图
• 分面、相关系数图
• 热图

Bulk RNA数据分析

RNA seq数据分析基础知识

• 菜鸟入门(一)：RNAseq测序基础简介 RNAseq简介，太简略了
• Reference-based RNAseq data analysis (long) 英文版的RNA seq流程解析。讲的比较详细，但未给代码
• RNA-seq Tutorial (with Reference Genome) 也是英文版，给出了部分关键代码

RNA seq：从分子生物学基础到生物信息学流程理解

这一部分，非常重要的一个知识点，就是让学生们明白，RNA到底是怎么回事：它是怎么被转录的？为何真核生物中的RNA序列向基因组比对的时候是不连续比对？RNA分析工具如何去描述RNA转录的一系列生理过程的？我一直在寻找一些从RNA转录的分子生物学到GTF文件结构解释的文章，但是没找到。考虑这一块我要费点心思自己编写了。

• 徐洲更简书：转录组入门（4）：了解参考基因组及基因注释
• 知乎：转录组入门4-参考基因组、注释文件下载及IGV

RNA 基因表达谱后续各种分析

RNA分析一多半分析是围绕表达谱进行的。这部分的资料数不胜数，而这部分由跟R的使用有千丝万缕的联系，这里不再赘述了。

RNA seq分析全流程

• http://www.rna-seqblog.com

生信技能树资源

• PANDA姐的转录组入门（0-6）合辑
• 配套视频讲解

这套讲解有助于了解RNA seq的分析思路，但是里边使用的部分工具已经过时，该升级了。

GRIFFITH LAB的培训教程

• 培训主页
• GitHub

英文版的教程，但是思路也比较清晰

Single cell RNA数据分析

scRNA全流程

单细胞分析的关键，主要是理解文库构建的策略，以及在文库构建的基础之上，哪些信息能够获得，哪些信息不易获得

• Single-cell RNA-seq analysis workshop 来自哈佛的scRNA教程
• Analysis of single cell RNA-seq data 剑桥桑格中心的scRNA教程
• 刘小泽的简书 单细胞交响乐系列，2020年7月刚刚大规模更新

scRNA定量基础上的分析

主要围绕scRNA分析的三大R包展开：Seurat，Scater和Monocle。

Reference

生信技能树的B站资源：https://space.bilibili.com/338686099 R的极客理想系列文章