Update notebooks.

AllenInstitute · Jan 16, 2025 · f62acf0 · f62acf0
1 parent 3bbe112
commit f62acf0
Show file tree

Hide file tree

Showing 2 changed files with 279 additions and 1,813 deletions.
diff --git a/notebooks/Zeng_Aging_Mouse_10x_snRNASeq_tutorial.ipynb b/notebooks/Zeng_Aging_Mouse_10x_snRNASeq_tutorial.ipynb
@@ -72,6 +72,13 @@
    "execution_count": 3,
    "metadata": {},
    "outputs": [
+    {
+     "name": "stderr",
+     "output_type": "stream",
+     "text": [
+      "cell_cluster_mapping_annotations.csv: 100%|█████████████████████████████████████████████████████████████████| 173M/173M [00:06<00:00, 27.4MMB/s]\n"
+     ]
+    },
     {
      "data": {
       "text/html": [
@@ -263,7 +270,7 @@
        "    </tr>\n",
        "  </tbody>\n",
        "</table>\n",
-       "<p>5 rows × 59 columns</p>\n",
+       "<p>5 rows × 60 columns</p>\n",
        "</div>"
       ],
       "text/plain": [
@@ -339,7 +346,7 @@
        "ACGGGTCGTACGAGCA-385_D06                  No-NT                #666666  \n",
        "CTTAGGATCTGTCCCA-301_B04                   Glut                #2B93DF  \n",
        "\n",
-       "[5 rows x 59 columns]"
+       "[5 rows x 60 columns]"
       ]
      },
      "execution_count": 3,
@@ -423,7 +430,7 @@
      "name": "stderr",
      "output_type": "stream",
      "text": [
-      "gene.csv: 100%|███████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 2.30M/2.30M [00:00<00:00, 8.24MMB/s]"
+      "gene.csv: 100%|███████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 2.30M/2.30M [00:00<00:00, 8.40MMB/s]\n"
      ]
     },
     {
@@ -433,13 +440,6 @@
       "Number of genes =  32285\n"
      ]
     },
-    {
-     "name": "stderr",
-     "output_type": "stream",
-     "text": [
-      "\n"
-     ]
-    },
     {
      "data": {
       "text/html": [
@@ -561,7 +561,7 @@
      "name": "stderr",
      "output_type": "stream",
      "text": [
-      "example_genes_all_cells_expression.csv: 100%|█████████████████████████████████████████████████████████████| 77.0M/77.0M [00:03<00:00, 24.6MMB/s]\n"
+      "example_genes_all_cells_expression.csv: 100%|█████████████████████████████████████████████████████████████| 77.0M/77.0M [00:03<00:00, 21.6MMB/s]\n"
      ]
     }
    ],
@@ -769,7 +769,7 @@
        "    </tr>\n",
        "  </tbody>\n",
        "</table>\n",
-       "<p>5 rows × 67 columns</p>\n",
+       "<p>5 rows × 68 columns</p>\n",
        "</div>"
       ],
       "text/plain": [
@@ -821,7 +821,7 @@
        "ACGGGTCGTACGAGCA-385_D06  0.000000      0.0  0.0    0.0    0.0  \n",
        "CTTAGGATCTGTCCCA-301_B04  7.864422      0.0  0.0    0.0    0.0  \n",
        "\n",
-       "[5 rows x 67 columns]"
+       "[5 rows x 68 columns]"
       ]
      },
      "execution_count": 6,
@@ -1065,7 +1065,7 @@
      "name": "stderr",
      "output_type": "stream",
      "text": [
-      "aging_degenes.csv: 100%|██████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 1.13M/1.13M [00:00<00:00, 2.98MMB/s]\n"
+      "aging_degenes.csv: 100%|██████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 1.13M/1.13M [00:00<00:00, 6.78MMB/s]\n"
      ]
     },
     {
@@ -1236,7 +1236,7 @@
      "name": "stderr",
      "output_type": "stream",
      "text": [
-      "cluster_mapping_pivot.csv: 100%|█████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 118k/118k [00:00<00:00, 919kMB/s]\n"
+      "cluster_mapping_pivot.csv: 100%|████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 118k/118k [00:00<00:00, 1.25MMB/s]\n"
      ]
     },
     {