Ce projet nécessite d'avoir assimilé l'ensemble des notions du cinquième module du cours de science des données biologiques 1. Il correspond au dépôt GitHub https://github.com/BioDataScience-Course/A05Ia_transformation. Il est distribué sous licence CC BY-NC-SA 4.0.
Ceci est un projet individuel, court et cadré. Il permettra de démontrer que vous avez acquis les compétences suivantes :
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Être capable d'importer des données depuis différents formats et différentes sources avec la fonction
read(). -
Maîtriser le remaniement de données, filtrer un tableau et le résumer afin d'en extraire l'information importante.
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Comprendre et utiliser l'opérateur
%>.%pour le chaînage des instructions.
Complétez le fichier coral.qmd en suivant les instructions qui s'y trouvent. Le tableau de données est disponible via le lien suivant :
Le jeu de données reprend des mesures de croissance de différentes espèces de coraux. La masse des coraux est mesurée au début de l'expérience (temps t0) puis une seconde fois après 7 jours (temps t7). Les variables du jeu de données sont :
- localisation : aquarium dans lequel la bouture de corail est placée. Les installations sont composées de deux unités indépendantes (A et B) et de plusieurs aquariums par unité, reliés entre eux,
- species : espèce étudiée,
- id : code de la bouture de corail,
- salinity : salinité mesurée en t7, grandeur sans unité,
- temperature : température mesurée dans l'eau en t7, en °C,
- date : date de la mesure en t7,
- time : nombre de jours écoulés entre la mesure initiale et finale,
- gain : gain de masse entre t0 et t7, en g,
- gain_std : gain/masse initiale, sans unité.
Complétez le fichier pima.qmd. Le jeu de données employé provient du package {MASS}. Vous avez à votre disposition une page d'aide pour mieux appréhender les variables de ce dernier.