hicGraph

​ hicGraph是用于网络可视化的脚本。可以利用python或R语言，将热图中的信息以网络图的形式展现。

graph TB
	subgraph 步骤四
		step4(绘制网络图)---tool4.1(Python)
		step4(绘制网络图)---tool4.2(R语言)
		tool4.1---tool4.1.1(Echrats)
		tool4.2---tool4.2.1(visNetwork)
	end
	subgraph 步骤三
		step3(网络数据获取)---inf1(点)
		step3(网络数据获取)---inf2(边)
		inf1---tool3.1(TAD位置信息)
		inf1---tool3.2(Compartment位置信息)
		inf2---tool3.3(两两交互信息)
	end
	subgraph 步骤二	
		step2(染色体结构信息获取)---tool2(cooltools)
		tool2--call-compartments---tool2.1(找TAD)
		tool2--diamond-insulation---tool2.2(找Compartment)
	end
	subgraph 步骤一
		step1(HiC原始数据处理)---tool1.1(原始Fastq文件)
		tool1.1--hictools---tool1(获得mcool文件)
	end

	style step1 fill:#f9f,fill-opacity:0.5
	style step2 fill:#f9f,fill-opacity:0.5
	style step3 fill:#f9f,fill-opacity:0.5
	style step4 fill:#f9f,fill-opacity:0.5

Loading

Installation

• 下载hicGraph.zip并解压

git clone http://www.github.com/LittleHan/HicGraph
gunzip hicGraph.zip

Usage

• Python

python main.py [-h] -o OUTPUT --compartment COMPARTMENT --tad TAD --mcool MCOOL -c CHR --start START --end END [--genre GENRE] [-q QUANTILE] [--raw]

• R

Rscript hicGraph.R WORK_DIR MCOOL TAD COMPARTMENT OUTPUT_DIR CHR [COM_NAME] [TAD_NAME]

Input

• a MCOOL file ：包含了染色体内的交互信息
• a BED file1 ：包含了每条染色体上TAD的位置信息
• a BED file2 ：包含了每条染色体上COMPARTMENT的位置信息

Output

• an HTML file

Options

• common

option	description
--mcool	mcool文件所在目录及文件名
--tad	含有TAD位置信息的BED文件所在目录及文件名
--compartment	含有compartment位置信息的BED文件所在目录及文件名
--chr	字符串，定义需要绘制的染色体
-o/--output	定义结果文件名称

• Python

option	description
--start	数值，定义绘制的起始位点
--end	数值，定义绘制的终止位点
-g/--genre	输出图片的类型，可选以TAD、Compartment或Fragment为节点的网络图
-q/-quantile	定义边的筛选分位数
--raw	若结构信息文件是从cooltools直接获得的原始数据，需要添加该参数
-h/--help	显示帮助文档

• R

parameter	description
WORK_DIR	设置脚本运行的工作目录
COM_NAME	字符串，所选Compartment的名称
TAD_NAME	字符串，所选TAD的名称

Examples

Python

python hicGraph.py --mcool test.mcool --tad Tad.bed --compartment Compartment.bed -o test -chr chr22 -g compartment

R语言

• 画所选染色体（chr22）所有Compartment的交互网络图

Rscript hicGraph.R ./ ./data/Rao_chr22.mcool ./data/Rao_tad.bed ./data/Rao_compartment.bed ./ chr22

• 选择序号为38的Compartment，绘制该Compartment内所有Tad的交互网络图

Rscript hicGraph.R ./ ./data/Rao_chr22.mcool ./data/Rao_tad.bed ./data/Rao_compartment.bed ./ chr22 com_38

• 选择序号为91的Tad，绘制该Tad内所有Fragment的交互网络图

Rscript hicGraph.R ./ ./data/Rao_chr22.mcool ./data/Rao_tad.bed ./data/Rao_compartment.bed ./ chr22 com_38 tad_91