Fix some warning with clang and gcc

.gitignore

@@ -42,3 +42,5 @@ build/
 
 # spack
 spack-*
+
+CASES/*

src/MahycoModule.h

@@ -247,24 +247,24 @@ class MahycoModule
   /** 
    *  Sauvegarde des variables à l'instant n 
    */
-  virtual void saveValuesAtN();
+  virtual void saveValuesAtN() override;
 
    /** 
    * Calcule la masse des mailles
    */
-  virtual void computeCellMass();
+  virtual void computeCellMass() override;
    /** 
    * Calcule la masse des noeuds
    */
-  virtual void computeNodeMass();
+  virtual void computeNodeMass() override;
 
   /** 
    * Calcule la pseudo viscosité au maille
    * au temps courant \f$t^{n}\f$. Pour chaque maille, 
    * il s'y a une partie linéaire et quadratique vis-vis du saut de vitesse .
    * Calcule la pseudo viscosité au maille au temps courant \q$t^{n}\f$.
    */
-  virtual void computeArtificialViscosity();
+  virtual void computeArtificialViscosity() override;
 
   /**
    * Calcul générique de m_force et de v_velocity_out
@@ -284,7 +284,7 @@ class MahycoModule
    * ensuite la nouvelle vitesse (\c m_velocity) aux noeuds a n+1/2
    * en fonction de celle à n-1/2
    */
-  virtual void updateVelocity();
+  virtual void updateVelocity() override;
   /**
    * Calcul de la vitesse de n a n-1/2
    * Pour CSTS
@@ -316,13 +316,13 @@ class MahycoModule
    * composante d'un vecteur vitesse pour chaque noeud de chaque face de
    * chaque surface sur laquelle on impose une condition aux limites.
    */		
-  virtual void applyBoundaryCondition();
+  virtual void applyBoundaryCondition() override;
 
   /**
    * Modifie les coordonnées (\c m_node_coord)
    * des noeuds d'après la valeur du vecteur vitesse et du pas de temps.
    */
-  virtual void updatePosition();
+  virtual void updatePosition() override;
 
   /**
    * Ce point d'entrée regroupe l'ensemble des calculs géométriques
@@ -350,13 +350,13 @@ class MahycoModule
    * cours du temps. Dans ce cas, la nouvelle densité est égale à la masse
    * divisée par le nouveau volume.
    */
-  virtual void updateDensity();
+  virtual void updateDensity() override;
 
   /**
    * Ce point d'entrée calcule l'énergie interne, la pression et la vitesse
    * du son dans la maille en faisant appel au service d'équation d'état.
    */
-  virtual void updateEnergyAndPressure();
+  virtual void updateEnergyAndPressure() override;
   /*
    * Cacul de l'energie et de la pression par une méthode de Newton
    **/
@@ -368,7 +368,7 @@ class MahycoModule
     /**
    * Ce point d'entrée calcule la pression moyenne dans la maille.
    */
-  virtual void computePressionMoyenne();
+  virtual void computePressionMoyenne() override;
 
   /**
    * Calcul d'un pas de temps à partir des grandeurs hydrodynamiques
@@ -388,7 +388,7 @@ class MahycoModule
    *   de temps doit être tel qu'on s'arrête exactement au temps spécifié
    *   dans le jeu de données (\c finalTime()).
    */
-  virtual void computeDeltaT();
+  virtual void computeDeltaT() override;
 
   /**
    * Calcul de quantites aux faces pour la projection :
@@ -437,10 +437,10 @@ class MahycoModule
   /**
    * point d'entree pour la phase de projection
    **/
-  virtual void remap();
+  virtual void remap() override;
 
   /** Retourne le numéro de version du module */
-  virtual VersionInfo versionInfo() const { return VersionInfo(1,0,0); }
+  virtual VersionInfo versionInfo() const override { return VersionInfo(1,0,0); }
 
  private:
 

src/Remap/RemapADIFinal.cc

@@ -758,7 +758,7 @@ void RemapADIService::remapVariables(Integer dimension, Integer withDualProjecti
       Real ec_proj(0.);
       Real ec_reconst(0.);
       AllEnvCell all_env_cell = all_env_cell_converter[cell];
-      ENUMERATE_NODE(inode, cell->nodes()) {
+      ENUMERATE_NODE(inode, cell.nodes()) {
         if (m_u_dual_lagrange[inode][3] != 0.) {
           ec_proj = m_u_dual_lagrange[inode][4] / m_u_dual_lagrange[inode][3];
           ec_reconst = 0.5 * m_velocity[inode].squareNormL2();

src/Remap/RemapADIService.cc

@@ -767,9 +767,9 @@ void RemapADIService::computeUremap(Integer idir, Integer nb_vars_to_project, In
   Real deltat = m_global_deltat();
   Real flux;    
   m_dual_phi_flux.fill(0.);
+  RealUniqueArray flux_face(nb_vars_to_project);
   ENUMERATE_CELL(icell,allCells()) {
     Cell cell = * icell;
-    RealUniqueArray flux_face(nb_vars_to_project);
     flux_face.fill(0.);
     ENUMERATE_FACE(iface, cell.faces()){
       const Face& face = *iface;

src/Remap/UtilesRemapALE.cc

@@ -252,14 +252,14 @@ void RemapALEService::computeNewEnvCells(Integer index_env) {
     if (m_phi[cell][index_env] < options()->threshold  && cells_marker[cell.localId()] == 0) {
         cells_to_remove.add(cell.localId());
         info() << " cell " << cell.localId() 
-            << " ( " << cell->uniqueId() << " ) " << " fraction " << m_phi[cell][index_env]
+            << " ( " << cell.uniqueId() << " ) " << " fraction " << m_phi[cell][index_env]
             << " retirée dans l'env " << env->name();
     }
 
     if (m_phi[cell][index_env] > options()->threshold  && cells_marker[cell.localId()] == -1) {
         cells_to_add.add(cell.localId());
         info() << " cell " << cell.localId() 
-            << " ( " << cell->uniqueId() << " ) "  << " fraction " << m_phi[cell][index_env] 
+            << " ( " << cell.uniqueId() << " ) "  << " fraction " << m_phi[cell][index_env] 
             << " ajoutée dans l'env apres normalisation " << env->name();
     }
   }

src/cartesian/CartLocalIdNumberingT.h

@@ -50,7 +50,7 @@ class CartLocalIdNumberingT {
   }
 
   //! Retourne le couple (local id, (i,j,k)) à partir d'un itéré d'une boucle directe
-  ARCCORE_HOST_DEVICE LocalIdIdxType idIdx(const ArrayBoundsIndex<3>& iter) const {
+  ARCCORE_HOST_DEVICE LocalIdIdxType idIdx(const ArrayIndex<3>& iter) const {
     IdxType idx = {iter.id2(),iter.id1(),iter.id0()}; // on remet dans le bon ordre
     IdType cell_id = id(idx[0], idx[1], idx[2]); // on calcule l'id selon la numerotation cartesienne
 

src/eos/CMakeLists.txt

@@ -4,6 +4,7 @@ perfectgas/PerfectGasEOSService.h
 IEquationOfState.h)
 
 target_include_directories(PerfectGas PRIVATE ..)
+target_include_directories(PerfectGas PRIVATE .)
 target_link_libraries(PerfectGas PUBLIC Arcane::arcane_core)
 target_link_libraries(PerfectGas PRIVATE mahyco_config)
 install(TARGETS PerfectGas EXPORT ${MAHYCO_EXPORT_TARGET})
@@ -14,6 +15,7 @@ add_library(StiffenedGas
   IEquationOfState.h)
 
 target_include_directories(StiffenedGas PRIVATE ..)
+target_include_directories(StiffenedGas PRIVATE .)
 target_link_libraries(StiffenedGas PUBLIC Arcane::arcane_core)
 target_link_libraries(StiffenedGas PRIVATE mahyco_config)
 install(TARGETS StiffenedGas EXPORT ${MAHYCO_EXPORT_TARGET})
@@ -27,6 +29,7 @@ stdperfectgas/EosTypes.h
 IEquationOfState.h)
 
 target_include_directories(StdPerfectGas PRIVATE ..)
+target_include_directories(StdPerfectGas PRIVATE .)
 target_link_libraries(StdPerfectGas PUBLIC Arcane::arcane_core)
 target_link_libraries(StdPerfectGas PRIVATE mahyco_config)
 install(TARGETS StdPerfectGas EXPORT ${MAHYCO_EXPORT_TARGET})
@@ -41,6 +44,7 @@ stdperfectgasacc1/Mallocator.h
 IEquationOfState.h)
 
 target_include_directories(StdPerfectGasAcc1 PRIVATE ..)
+target_include_directories(StdPerfectGasAcc1 PRIVATE .)
 target_link_libraries(StdPerfectGasAcc1 PUBLIC Arcane::arcane_core)
 target_link_libraries(StdPerfectGasAcc1 PRIVATE mahyco_config)
 find_package(Boost)
@@ -61,6 +65,7 @@ stdperfectgasacc2/EosTypes.h
 IEquationOfState.h)
 
 target_include_directories(StdPerfectGasAcc2 PRIVATE ..)
+target_include_directories(StdPerfectGasAcc2 PRIVATE .)
 target_link_libraries(StdPerfectGasAcc2 PUBLIC Arcane::arcane_core)
 target_link_libraries(StdPerfectGasAcc2 PRIVATE mahyco_config)
 install(TARGETS StdPerfectGasAcc2 EXPORT ${MAHYCO_EXPORT_TARGET})
@@ -75,6 +80,7 @@ qnewt_stdperfectgas/Utils.h
 IEquationOfState.h)
 
 target_include_directories(QnewtStdPerfectGas PRIVATE ..)
+target_include_directories(QnewtStdPerfectGas PRIVATE .)
 target_link_libraries(QnewtStdPerfectGas PUBLIC Arcane::arcane_core)
 target_link_libraries(QnewtStdPerfectGas PRIVATE mahyco_config)
 install(TARGETS QnewtStdPerfectGas EXPORT ${MAHYCO_EXPORT_TARGET})
@@ -84,8 +90,8 @@ arcane_accelerator_enable()
 arcane_accelerator_add_source_files(perfectgas/PerfectGasEOSService.cc)
 arcane_accelerator_add_source_files(stiffenedgas/StiffenedGasEOSService.cc)
 
-#arcane_accelerator_add_source_files(stdperfectgas/StdPerfectGasEOSService.cc)
-#arcane_accelerator_add_source_files(stdperfectgas/PhyVarType.cc)
+arcane_accelerator_add_source_files(stdperfectgas/StdPerfectGasEOSService.cc)
+arcane_accelerator_add_source_files(stdperfectgas/PhyVarType.cc)
 
 arcane_accelerator_add_source_files(stdperfectgasacc1/StdPerfectGasAcc1EOSService.cc)
 arcane_accelerator_add_source_files(stdperfectgasacc1/PhyVarType.cc)
@@ -94,15 +100,15 @@ arcane_accelerator_add_source_files(stdperfectgasacc2/StdPerfectGasAcc2EOSServic
 arcane_accelerator_add_source_files(stdperfectgasacc2/PhyVarType.cc)
 arcane_accelerator_add_source_files(stdperfectgasacc2/PhyVars.cc)
 
-#arcane_accelerator_add_source_files(qnewt_stdperfectgas/QnewtStdPerfectGasEOSService.cc)
-#arcane_accelerator_add_source_files(qnewt_stdperfectgas/PhyVarType.cc)
+arcane_accelerator_add_source_files(qnewt_stdperfectgas/QnewtStdPerfectGasEOSService.cc)
+arcane_accelerator_add_source_files(qnewt_stdperfectgas/PhyVarType.cc)
 
 arcane_accelerator_add_to_target(PerfectGas)
 arcane_accelerator_add_to_target(StiffenedGas)
-#arcane_accelerator_add_to_target(StdPerfectGas)
+arcane_accelerator_add_to_target(StdPerfectGas)
 arcane_accelerator_add_to_target(StdPerfectGasAcc1)
 arcane_accelerator_add_to_target(StdPerfectGasAcc2)
-#arcane_accelerator_add_to_target(QnewtStdPerfectGas)
+arcane_accelerator_add_to_target(QnewtStdPerfectGas)
 
 arcane_target_add_axl(PerfectGas perfectgas/PerfectGasEOS)
 arcane_target_add_axl(StiffenedGas stiffenedgas/StiffenedGasEOS)

src/eos/perfectgas/PerfectGasEOSService.h

@@ -47,17 +47,17 @@ class PerfectGasEOSService
    *  Initialise l'équation d'état au groupe de mailles passé en argument
    *  et calcule la vitesse du son et l'énergie interne. 
    */
-  virtual void initEOS(IMeshEnvironment* env);
+  virtual void initEOS(IMeshEnvironment* env) override;
   /** 
    *  Applique l'équation d'état au groupe de mailles passé en argument
    *  et calcule la vitesse du son et la pression. 
    */
-  virtual void applyEOS(IMeshEnvironment* env);
+  virtual void applyEOS(IMeshEnvironment* env) override;
    /** 
    *  Applique l'équation d'état au groupe de mailles passé en argument
    *  et calcule la vitesse du son et la pression pour une cellule
    */
-  virtual void applyOneCellEOS(IMeshEnvironment* env, EnvCell ev);
+  virtual void applyOneCellEOS(IMeshEnvironment* env, EnvCell ev) override;
   /** 
    *  Renvoie la constante adiabatic de l'environnement. 
    */

src/eos/qnewt_stdperfectgas/QnewtStdPerfectGasEOSService.h

@@ -49,17 +49,17 @@ class QnewtStdPerfectGasEOSService
    *  Initialise l'équation d'état au groupe de mailles passé en argument
    *  et calcule la vitesse du son et l'énergie interne. 
    */
-  virtual void initEOS(IMeshEnvironment* env);
+  virtual void initEOS(IMeshEnvironment* env) override;
   /** 
    *  Applique l'équation d'état au groupe de mailles passé en argument
    *  et calcule la vitesse du son et la pression. 
    */
-  virtual void applyEOS(IMeshEnvironment* env);
+  virtual void applyEOS(IMeshEnvironment* env) override;
    /** 
    *  Applique l'équation d'état au groupe de mailles passé en argument
    *  et calcule la vitesse du son et la pression pour une cellule
    */
-  virtual void applyOneCellEOS(IMeshEnvironment* env, EnvCell ev);
+  virtual void applyOneCellEOS(IMeshEnvironment* env, EnvCell ev) override;
   /** 
    *  Renvoie la constante adiabatic de l'environnement. 
    */

src/eos/stdperfectgas/StdPerfectGasEOSService.h

@@ -49,17 +49,17 @@ class StdPerfectGasEOSService
    *  Initialise l'équation d'état au groupe de mailles passé en argument
    *  et calcule la vitesse du son et l'énergie interne. 
    */
-  virtual void initEOS(IMeshEnvironment* env);
+  virtual void initEOS(IMeshEnvironment* env) override;
   /** 
    *  Applique l'équation d'état au groupe de mailles passé en argument
    *  et calcule la vitesse du son et la pression. 
    */
-  virtual void applyEOS(IMeshEnvironment* env);
+  virtual void applyEOS(IMeshEnvironment* env) override;
    /** 
    *  Applique l'équation d'état au groupe de mailles passé en argument
    *  et calcule la vitesse du son et la pression pour une cellule
    */
-  virtual void applyOneCellEOS(IMeshEnvironment* env, EnvCell ev);
+  virtual void applyOneCellEOS(IMeshEnvironment* env, EnvCell ev) override;
   /** 
    *  Renvoie la constante adiabatic de l'environnement. 
    */

src/eos/stdperfectgasacc1/StdPerfectGasAcc1EOSService.h

@@ -49,17 +49,17 @@ class StdPerfectGasAcc1EOSService
    *  Initialise l'équation d'état au groupe de mailles passé en argument
    *  et calcule la vitesse du son et l'énergie interne. 
    */
-  virtual void initEOS(IMeshEnvironment* env);
+  virtual void initEOS(IMeshEnvironment* env) override;
   /** 
    *  Applique l'équation d'état au groupe de mailles passé en argument
    *  et calcule la vitesse du son et la pression. 
    */
-  virtual void applyEOS(IMeshEnvironment* env);
+  virtual void applyEOS(IMeshEnvironment* env) override;
    /** 
    *  Applique l'équation d'état au groupe de mailles passé en argument
    *  et calcule la vitesse du son et la pression pour une cellule
    */
-  virtual void applyOneCellEOS(IMeshEnvironment* env, EnvCell ev);
+  virtual void applyOneCellEOS(IMeshEnvironment* env, EnvCell ev) override;
   /** 
    *  Renvoie la constante adiabatic de l'environnement. 
    */

src/eos/stdperfectgasacc2/StdPerfectGasAcc2EOSService.h

@@ -50,17 +50,17 @@ class StdPerfectGasAcc2EOSService
    *  Initialise l'équation d'état au groupe de mailles passé en argument
    *  et calcule la vitesse du son et l'énergie interne. 
    */
-  virtual void initEOS(IMeshEnvironment* env);
+  virtual void initEOS(IMeshEnvironment* env) override;
   /** 
    *  Applique l'équation d'état au groupe de mailles passé en argument
    *  et calcule la vitesse du son et la pression. 
    */
-  virtual void applyEOS(IMeshEnvironment* env);
+  virtual void applyEOS(IMeshEnvironment* env) override;
    /** 
    *  Applique l'équation d'état au groupe de mailles passé en argument
    *  et calcule la vitesse du son et la pression pour une cellule
    */
-  virtual void applyOneCellEOS(IMeshEnvironment* env, EnvCell ev);
+  virtual void applyOneCellEOS(IMeshEnvironment* env, EnvCell ev) override;
   /** 
    *  Renvoie la constante adiabatic de l'environnement. 
    */