index.Rmd

--- 
title: "Analiza RNA-Seq podataka"
author: "marko.zecevic@sbgenomics.com"
date: "`r Sys.Date()`"
site: bookdown::bookdown_site
output: bookdown::gitbook
documentclass: book
biblio-style: apalike
link-citations: yes
github-repo: markozecevic/RNA-Seq
description: "Materijali za deo kursa posvecen analizi RNA-Seq podataka"
---

# Podešavanja {-}

Linux okruženje sa instaliranim neophodnim paketima i RStudiom je dokerizovano i postavljeno na [Docker Hub](https://hub.docker.com/r/markoz/rnastudio/).

Nakon [instalacije Docker-a](https://docs.docker.com/install/), potrebno je odraditi pull (~4.3 GB download).

```console
docker pull markoz/rnastudio:2021
```
Opciono, možete klonirati GitHub repo sa meterijalima.

```console
git clone git@github.com:markozecevic/RNA-Seq.git
```
Kada u lokalu imate i Docker image i materijale, pokrenućete Docker container komandom (potrebno je zameniti `/putanja/do/repozitorijuma/RNA-Seq` sa pravom putanjom kloniranog repozitorijuma u vašem lokalnom sistemu):
```console
docker run -e PASSWORD=etf -p 8787:8787 -v /putanja/do/repozitorijuma/RNA-Seq:/home/rstudio/materijali -e ROOT=TRUE markoz/rnastudio:2021
```
U browseru otvoriti http://localhost:8787/ (user: "rstudio, pass: "etf"). 

Sledeće komande će podesiti radni folder i izrenderovati materijale, ali ohrabrujemo vas da primenite interaktivniji pristup, i izvršavate ćeliju po ćeliju:

```{r, eval=FALSE}
setwd("~/materijali")
bookdown::render_book("index.Rmd", "bookdown::gitbook")
```