RNA-Seq

Materijali za deo kursa posvecen analizi RNA-Seq podataka

Linux okruzenje sa instaliranim neophodnim paketima i RStudiom je dokerizovano i okaceno na Docker Hub.

Nakon instalacije Docker-a, potrebno je odraditi pull (~4.3 GB download).

docker pull markoz/rnastudio

Zatim treba klonirati GitHub repo sa meterijalima.

git clone [email protected]:markozecevic/RNA-Seq.git

Kada u lokalu imate i Docker image i materijale, pokrenucete Docker kontejner komandom (potrebno je zameniti /putanja/do/repozitorijuma/RNA-Seq sa pravom putanjom kloniranog repozitorijuma):

docker run -e PASSWORD=etf -p 8787:8787 -v /putanja/do/repozitorijuma/RNA-Seq:/home/rstudio/materijali -e ROOT=TRUE markoz/rnastudio

U browseru otvoriti http://localhost:8787/ (user: "rstudio, pass: "etf").

Sledece komande ce podesiti radni folder i izrenderovati materijale:

setwd("~/materijali")
bookdown::render_book("index.Rmd", "bookdown::gitbook")