All genome databases resides in the shared directory /datalus/genomes/.
Directory structure under each genome folder, using Arabidopsis thaliana as an example:
(base) pzhou@node12:Athaliana $ pwd
/datalus/genomes/Athaliana
(base) pzhou@node12:Athaliana $ tree ./
├── 10.fasta # genome fasta sequence
├── 10.fasta.fai
├── 15_intervals
│ ├── 01.chrom.bed # chromosome size in BED format
│ ├── 01.chrom.sizes # chromosome size file
│ ├── 11.gap.bed # gap (N) coordinates
│ ├── forward.bed # sequence name mappings between original (raw) fasta records and renamed (new) fasta records
│ ├── forward.chain # UCSC chain file to convert raw (old) coordinates to new coordinates
│ ├── reverse.bed # sequence name mappings between renamed (new) fasta records and original (raw) fasta records
│ └── reverse.chain # UCSC chain file to convert new coordinates to raw (old) coordinates
├── 21_dbs # genome index databases
│ ├── bismark
│ │ ├── Bisulfite_Genome
│ │ │ ├── CT_conversion
│ │ │ │ ├── BS_CT.1.bt2
│ │ │ │ ├── BS_CT.2.bt2
│ │ │ │ ├── BS_CT.3.bt2
│ │ │ │ ├── BS_CT.4.bt2
│ │ │ │ ├── BS_CT.rev.1.bt2
│ │ │ │ ├── BS_CT.rev.2.bt2
│ │ │ │ └── genome_mfa.CT_conversion.fa
│ │ │ └── GA_conversion
│ │ │ ├── BS_GA.1.bt2
│ │ │ ├── BS_GA.2.bt2
│ │ │ ├── BS_GA.3.bt2
│ │ │ ├── BS_GA.4.bt2
│ │ │ ├── BS_GA.rev.1.bt2
│ │ │ ├── BS_GA.rev.2.bt2
│ │ │ └── genome_mfa.GA_conversion.fa
│ │ └── db.fasta
│ ├── blastn
│ │ ├── db.ndb
│ │ ├── db.nhr
│ │ ├── db.nin
│ │ ├── db.not
│ │ ├── db.nsq
│ │ ├── db.ntf
│ │ └── db.nto
│ ├── blastp
│ │ ├── db.pdb
│ │ ├── db.phr
│ │ ├── db.pin
│ │ ├── db.pot
│ │ ├── db.psq
│ │ ├── db.ptf
│ │ └── db.pto
│ ├── blat
│ │ ├── db.2bit
│ │ └── db.2bit.tile11.ooc
│ ├── bwa
│ │ ├── db.amb
│ │ ├── db.ann
│ │ ├── db.bwt
│ │ ├── db.fasta
│ │ ├── db.pac
│ │ └── db.sa
│ ├── gatk
│ │ ├── db.dict
│ │ ├── db.fasta
│ │ └── db.fasta.fai
│ ├── hisat2
│ │ ├── db.1.ht2
│ │ ├── db.2.ht2
│ │ ├── db.3.ht2
│ │ ├── db.4.ht2
│ │ ├── db.5.ht2
│ │ ├── db.6.ht2
│ │ ├── db.7.ht2
│ │ ├── db.8.ht2
│ │ ├── db.exon
│ │ └── db.ss
│ ├── lastn
│ │ ├── db.bck
│ │ ├── db.des
│ │ ├── db.prj
│ │ ├── db.sds
│ │ ├── db.ssp
│ │ ├── db.suf
│ │ └── db.tis
│ ├── lastp
│ │ ├── db.bck
│ │ ├── db.des
│ │ ├── db.prj
│ │ ├── db.sds
│ │ ├── db.ssp
│ │ ├── db.suf
│ │ └── db.tis
│ ├── salmon
│ │ └── db
│ │ ├── duplicate_clusters.tsv
│ │ ├── hash.bin
│ │ ├── header.json
│ │ ├── indexing.log
│ │ ├── quasi_index.log
│ │ ├── refInfo.json
│ │ ├── rsd.bin
│ │ ├── sa.bin
│ │ ├── txpInfo.bin
│ │ └── versionInfo.json
│ ├── snpeff
│ │ ├── Athaliana
│ │ │ ├── genes.gtf
│ │ │ ├── sequences.fa
│ │ │ └── snpEffectPredictor.bin
│ │ └── snpEff.config
│ └── star
│ ├── chrLength.txt
│ ├── chrNameLength.txt
│ ├── chrName.txt
│ ├── chrStart.txt
│ ├── exonGeTrInfo.tab
│ ├── exonInfo.tab
│ ├── geneInfo.tab
│ ├── Genome
│ ├── genomeParameters.txt
│ ├── Log.out
│ ├── SA
│ ├── SAindex
│ ├── sjdbInfo.txt
│ ├── sjdbList.fromGTF.out.tab
│ ├── sjdbList.out.tab
│ └── transcriptInfo.tab
├── 50_annotation
│ ├── 10.aa.fasta # amino acid sequences for all transcripts
│ ├── 10.bed
│ ├── 10.desc.tsv
│ ├── 10.gff # gff3 file with all transcript isoforms
│ ├── 10.gff.db
│ ├── 10.gtf
│ ├── 10.nt.fasta # CDS sequences for all transcripts
│ ├── 10.sqlite
│ ├── 10.tsv
│ ├── 15.aa.fasta # amino acid sequences for longest transcript isoforms
│ ├── 15.bed
│ ├── 15.desc.tsv
│ ├── 15.gff # gff3 file for longest transcript isoforms
│ ├── 15.gff.db
│ ├── 15.gtf
│ ├── 15.nt.fasta # CDS sequencces for longest transcript isoforms
│ └── 15.tsv
├── 55.rds
└── raw # raw files downloaded
├── Arabidopsis_thaliana.TAIR10.50.gff3.gz
├── Arabidopsis_thaliana.TAIR10.dna.toplevel.fa.gz
├── raw.fasta.gz -> Arabidopsis_thaliana.TAIR10.dna.toplevel.fa.gz
└── raw.gff.gz -> Arabidopsis_thaliana.TAIR10.50.gff3.gz